Przed wiekami, we wczesnym średniowieczu, prawie całe okolice Niepołomic pokrywały nieprzebyte, „niepołomne” puszcze. Rozciągały się one niemal od samego Krakowa, sięgając aż pod Sandomierz. Kolejne stulecia eksploatacji lasów, wycinania ich pod nowe wsie i miasta oraz tereny rolne sprawiły, że z dawnych kniei pozostały tylko małe obszary leśne i kilka większych kompleksów – w tym najbardziej wysunięta na zachód część dawnej ogromnej Puszczy Sandomierskiej, czyli Puszcza Niepołomicka. Zarówno puszczańskie ostępy, jak i tereny otwarte zostały znacznie przekształcone przez wielowiekową gospodarkę człowieka.

Zwierzęta
Niegdyś w przepastnych puszczach Kotliny Sandomierskiej żyło mnóstwo zwierzyny. Dzikie knieje stanowiły schronienie dla potężnych ssaków kopytnych – żubra i tura. Wiele było niedźwiedzi, a na drobniejszą zdobycz polowały drapieżne koty: rysie i żbiki. W lasach gnieździło się mnóstwo ptaków, w tym tak cenione przez myśliwych gatunki jak cietrzewie i głuszce. Świadectwem dawnej obfitości fauny w Puszczy Niepołomickiej są nawet relacje z polowań monarchów. Lecz z końcem średniowiecza największe ssaki zostały tu wytępione. Już w XVI w., aby władcom z dynastii Jagiellonów dostarczyć odpowiedniej rozrywki, czyli polowania na niedźwiedzie, trzeba było te ostatnie sprowadzać z puszcz litewskich.

Dziś oczywiście niedźwiedzi w Puszczy Niepołomickiej nie ma. Tury wymarły przed wiekami, a żubry mieszkają wyłącznie w zamkniętym (i niedostępnym dla turystów) rezerwacie koło leśniczówki Poszyna. Brak też już drapieżnych kotów. Niemniej jednak w Puszczy wciąż żyje wiele dzikich zwierząt – spotkać tu można około 170 gatunków kręgowców. Ssaki reprezentowane są przez liczną zwierzynę płową: jelenie i sarny; turysta, jeśli tylko nie zachowuje się głośno, bardzo łatwo zobaczy je nawet blisko skraju lasu. W wielu miejscach widać ślady obecności dzików. Choć już nie ma dużych drapieżników – pozostały liczne mniejsze, takie jak lisy czy kuny leśne.

Awifauna wciąż jest bogata i do dziś w Puszczy gnieżdżą się rzadkie w innych częściach kraju gatunki ptaków. Płochliwy i w przeciwieństwie do swego białego kuzyna stroniący od ludzi bocian czarny najliczniej występuje w północnej części Puszczy, w okolicach Ispiny. Wielką rzadkością jest też duża sowa – puszczyk uralski, a także niewielka czarno-biała muchołówka białoszyja. Inne ciekawe gatunki ptaków, żyjące w Puszczy to niewielka sowa włochatka, drapieżny orlik krzykliwy, głośny, lecz trudny do zaobserwowania derkacz, dzięcioły: średni i czarny, mała drapieżna dzierzba gąsiorek czy brodząca w płytkiej wodzie i błotach kureczka nakrapiana. Gady są reprezentowane przez beznogie jaszczurki – padalce zwyczajne, kilka innych gatunków jaszczurek oraz węże: zaskrońce i żmije zygzakowate. Z płazów spotyka się ropuchy: szarą i zieloną, małą żabkę rzekotkę drzewną i wiele innych większych żab, a także przypominającą jaszczurkę traszkę zwyczajną. Zagęszczenie występowania żab jest w Puszczy tak duże, że wiosną, gdy na moczarach, w rozlewiskach i starorzeczach dają one prawdziwe koncerty – szczególnie w północnej części kompleksu, w lesie Grobla i na uroczysku Grobelczyk – o świcie czy wieczorem rechot jest prawie ogłuszający.

Poza Puszczą, na łąkach i polach w dolinie Wisły i Drwinki, żyje znacznie mniej zwierząt, choć i tu spotkać można sarny – szczególnie tam, gdzie dużo jest śródpolnych zadrzewień i krzewów. W ostatnich latach z nieznanych przyczyn szybko spada natomiast liczebność zajęcy. Poza tym w trawach buszują małe drapieżniki – kuny domowe, tchórze, gronostaje i łasice. Polują one m.in. na ptaki żyjące na łąkach, takie jak bażanty łowne czy kuropatwy i przepiórki. Pośród łąk chętnie też przechadzają się licznie gnieżdżące się na terenie gminy bociany białe. Szukają w trawach nie żab, lecz drobnych gryzoni, jaszczurek czy dużych owadów. Na polach poszukują ofiar także niejadowite węże – zaskrońce z charakterystycznymi żółtymi plamami z tyłu głowy.

Ośrodek Hodowli Żubrów w Puszczy Niepołomickiej
W Niepołomicach znajduje się jeden z siedmiu ośrodków hodowli zamkniętej żubra, jakie obecnie (stan na 2012 rok) funkcjonują w Polsce (Białowieża, Pszczyna, Smardzewice, Niepołomice, Borki, Międzyzdroje, Głuchów).

Decyzję o budowie ośrodka podjęto w 1936 roku. Dwa lata później przewieziono tam pierwszą parę żubrów. Zwierzęta pochodziły ze stada w Pszczynie.

Ośrodek Hodowli Żubrów znajduje się w południowym kompleksie Puszczy Niepołomickiej. Obiekt ma powierzchnię 69 ha. Od początku działalności ośrodka zwierzętami opiekowali się leśnicy. OHŻ podzielony jest na 5 kwater bytowych i izolatkę, odłownię i kwaterę gospodarczą.

W ośrodku znajdują się obecnie 23 osobniki (liczebność żubra na rok 2012). W 1995 roku bytowały w nim 32 żubry i była to największa ilość jaka żyła na terenie tej zagrody. Od początku funkcjonowania ośrodka w Niepołomicach na świat przyszło ponad 255 żubrów. Najwięcej zwierząt urodziło się w 2005 roku (4 samce i 5 samic).

Źródło: Materiały konferencyjne z Sympozjum – „Wpływ gospodarki leśnej na odnawialne zasoby przyrodnicze Puszczy Niepołomickiej i sąsiednich kompleksów leśnych na Nizinie Nadwiślańskiej”, 10-12 września 2012.

Roślinność
Szata roślinna okolic Niepołomic najbogatsza jest na terenie Puszczy. Można tu znaleźć zróżnicowane siedliska leśne. Na terenach wilgotniejszych zachowały się fragmenty grądów, które pierwotnie stanowiły typ lasu dominujący w sandomierskich puszczach. Przeważają tam dęby, lipy drobnolistne i graby, dawniej też bardzo licznie występowały jesiony i wiązy. Na glebach piaszczystych, przede wszystkim na wyższej terasie Podgórza Bocheńskiego i na wydmach, rosną ubogie bory sosnowe. Obecnie właśnie to drzewo iglaste dominuje w drzewostanie Puszczy, co jest efektem jego przebudowy w wyniku eksploatacji lasów przez człowieka. Obecnie około 80% kompleksu głównej części Puszczy tworzą bory sosnowe różnych typów (zależnie od podłoża, na jakim rosną), są tu zatem bory świeże i suche, a nawet bagienne w okolicach Baczkowa. Niestety, wiele posadzonych w XIX w. i w 1. poł. XX w. sosen to odmiany przywożone do Polski z innych regionów Europy, dlatego w naszym klimacie są one słabsze i mniej odporne na szkodniki. Prócz sosny w borach rosną także brzozy oraz dęby i olchy czarne.

Poza wspomnianymi grądami i borami sosnowymi w niektórych częściach puszczy, np. na Kozich Górkach, spotkać można buczyny z ubogim podszytem. Na terenach podmokłych zachowały się olsy, a także fragmenty nadrzecznych łęgów. Łęgi, podobnie jak grądy, były dawniej bardzo rozpowszechnione na tym obszarze, lecz zajmowały one najżyźniejsze gleby, dlatego też najszybciej zostały wycięte, a tereny po nich przeznaczone pod uprawę i osadnictwo.

Puszczańskie lasy najpiękniej chyba wyglądają wiosną – gdy w runie leśnym kwietnie mnóstwo kwiatów, korzystających z obfitości światła nim na drzewach pojawią się liście. W wielu częściach puszczy wspaniałe łany tworzą wówczas kwitnące na biało zawilce. W okolicach Ispiny w ciepłe kwietniowe dni oszałamiający słodki zapach rozsiewają tysiące kwitnących na liliowo kwiatów kokoryczy pustej, a na brzegach kanałów i potoków żółcą się wyraziste kwiaty kaczeńców (knieci błotnej).

Ciekawym miejscem jest duża polana w zachodniej części Puszczy, znana jako Wielkie Błoto. Część tego otwartego terenu, otoczonego ze wszystkich stron lasami, to torfowisko. Występuje tu reliktowa brzoza niska – ślad po ostatnim zlodowaceniu. To drzewo z dalekiej północy rośnie tu na swym najdalej na południe wysuniętym stanowisku w Polsce. Na polanie można zobaczyć też wiele innych gatunków roślin torfowiskowych i bagiennych, jak żurawina błotna, wełnianka pochwowata czy bagno zwyczajne.

Prócz lasów na terenie gminy Niepołomice znajdują się rozległe obszary wilgotnych łąk i pastwisk – jednak prace melioracyjne znacznie zamieniły stosunki wodne, więc także i roślinność tych łąk. Duże otwarte tereny łąkowe rozciągają się w dolinie Drwinki, a także wzdłuż Wisły w obrębie wałów. Dawne wielkie łąki w okolicach Niepołomic – Łąki Niepołomickie między Niepołomicami, Staniątkami i Podłężem – są już w znacznej mierze zabudowane, podobnie jak rozległe łąki na zachód od tego miasta, należące obecnie do Małopolskiej Strefy Inwestycyjnej.
W południowej części gminy, na wzgórzach i w dolinach Podgórza Bocheńskiego, dominują pola uprawne i sady.