Najważniejszą rzeką w okolicy Niepołomic jest oczywiście Wisła. Najdłuższa z polskich rzek wyżłobiła koryto w niektórych miejscach głębokie nawet na kilka metrów, ze stromymi, urwistymi brzegami, rozciętymi głębokimi parowami bocznych dopływów. Do Wisły wpadają liczne małe potoczki i rzeczki, spływające na południe ze wzgórz Podgórza Bocheńskiego i Pogórza Wielickiego w zachodniej części gminy – jak np. potok Podłężanka. Wschodnią część gminy oraz większą część obszaru Puszczy Niepołomickiej odwadnia Drwinka i jej dopływy – ta niewielka rzeka o bardzo małym spadku powstaje z połączenia kilku kanałów i cieków wodnych na tzw. Łąkach Niepołomickich między Staniątkami, Podłężem i Niepołomicami, uchodzi zaś do Raby już poza obszarem opisanym w przewodniku. Warto wiedzieć, że w Puszczy Niepołomickiej stosunki wodne daleko odbiegają od naturalnych – zostały bardzo zmienione pracami melioracyjnymi, prowadzonymi już od połowy XIX w. Spowodowały one znaczne przesuszenie gruntów i ograniczenie terenów mokradeł.